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GGGenomeには、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が公開するウェブ版と、株式会社レトリバが提供するパッケージ版があります。検索エンジンとデータベースの整合性を取ってパッケージングしているため、同じ条件であれば同一の検索結果が得られます。
公開配列を手軽に検索する場合はウェブ版、未公開配列を外部サーバーへ送信せず検索したい場合や、大量検索・独自データベースを利用したい場合はパッケージ版が適しています。
最終更新:2026年8月
※記載内容は2026年8月時点の仕様です。検索上限やタイムアウト、動作環境は変更される場合があります。
比較項目 | ウェブ版 | パッケージ版 |
|---|---|---|
提供形態 | ブラウザから利用(DBCLS が公開) | SSD で提供。オフライン環境で動作 |
クエリ塩基配列の秘匿性 | 検索する配列をサーバーへ送信 | 外部に送信しない。配列は SSD 内に保存されず、システム停止とともに削除 |
動作環境 | ブラウザ | 64bit 版 Windows 11 Pro version 21H2 以上 / Windows 10 Pro 21H1 以上。Docker Desktop、Hyper-V の有効化、メモリ 8GB 以上 |
ライセンス形態 | ー | 売り切りプラン(ライセンス許諾に制限なし、サポート1年間)/サブスクプラン(契約期間内で許諾・サポート・アップデート対応) |
比較項目 | ウェブ版 | パッケージ版 |
|---|---|---|
最短クエリ長 | 6 塩基 | 6 塩基 |
許容誤差の上限 | クエリ長の 25% まで | 制限なし |
HTML での1画面の表示結果数 | 50件 | 50件 |
HTML 以外(API)で返せる検索結果数 | 100,000 件 | 10,000,000 件 |
内部ヒット件数の上限 | 100,000,000 件 | 1,000,000,000 件 |
検索タイムアウト時間 | 30 秒 | 86,400 秒(24時間) |
比較項目 | ウェブ版 | パッケージ版 |
|---|---|---|
検索支援スクリプト Bioretool | ー | 複数クエリの一括検索、複数 DB の横断検索、スプライシング前後の検索結果のマージ、実行履歴の管理、検索結果サマリの出力 |
注目遺伝子ハイライト機能 | ー | 注目遺伝子リストの指定により、検索結果のハイライト表示・絞り込み・CSV 出力が可能 |
比較項目 | ウェブ版 | パッケージ版 |
|---|---|---|
検索対象データベース | DBCLS が公開するデータベース | 創薬基本パック(生物種9種・ゲノム/mRNA/pre-mRNA) |
データベースの追加 | ー | オプション DB(GGGenome ウェブ版で検索可能なデータベース)およびカスタム DB(独自の塩基配列など)を追加可能。いずれも別途費用 |
パッケージ版は SSD で動作し、オフライン環境で検索できます。検索する配列は一時的にシステム上に保持されますが、SSD 内には保存されず、システムの停止とともに削除されます。開発中の配列を外部に送信する必要がありません。
ウェブ版はサーバーへの負担を考慮した検索制限が設けられています。パッケージ版ではこの制限が緩和されており、多数の候補配列をまとめて処理する解析パイプラインに組み込む用途に適しています。
項目 | ウェブ版 | パッケージ版 |
|---|---|---|
許容誤差の上限 | クエリ長の 25% まで | 制限なし |
API で返せる検索結果数 | 100,000 件 | 10,000,000 件 |
内部ヒット件数の上限 | 100,000,000 件 | 1,000,000,000 件 |
検索タイムアウト時間 | 30 秒 | 86,400 秒(24時間) |
最短クエリ長(6塩基)と HTML での1画面の表示結果数(50件)は、ウェブ版とパッケージ版で同じです。
パッケージ版には検索支援スクリプト Bioretool が付属し、複数の検索を一括して行う操作を UI 画面から実行できます。
複数のクエリを一括検索
複数の DB を横断検索
スプライシング前と後の検索結果をマージ
実行履歴を管理
検索結果のサマリを出力
注目遺伝子リストを指定することで、検索結果のハイライト表示、検索結果の絞り込み、CSV ファイルへの出力ができます。膨大な検索結果から、注目している遺伝子に該当するものだけを効率的に抽出できます。
オプション DB として、GGGenome ウェブ版で検索可能なデータベースをすべて追加できます。カスタム DB として、独自の塩基配列や他で公開されている情報を追加することも可能です。いずれも別途費用が必要です。
A. 主な違いは、検索配列の外部送信の有無、検索上限、解析支援機能、独自データベースへの対応です。
ウェブ版は DBCLS が公開しており、ブラウザから利用できます。一方、パッケージ版はローカル環境で動作し、検索制限の緩和や解析支援機能、独自データベースへの追加などに対応します。検索エンジンとデータベースの整合性を取ってパッケージングしているため、同じ条件であれば両者で同一の検索結果が得られます。
A. パッケージ版が適しています。
パッケージ版は SSD で動作し、オフライン環境で検索できるため、開発中の配列を外部に送信する必要がありません。公開情報の配列を手軽に検索する場合は、ウェブ版で十分です。
A. 送信しません。
パッケージ版はオフライン環境で動作します。検索する配列は一時的にシステム上に保持されますが、SSD 内には保存されず、システムの停止とともに削除されます。
A. パッケージ版では検索できます。
カスタム DB として独自の塩基配列や他で公開されている情報を追加できます。また、オプション DB として GGGenome ウェブ版で検索可能なデータベースをすべて追加できます。いずれも別途費用が必要です。
A. DBCLS が公開するウェブ版でお試しいただけます。
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が公開しているため、実際の操作と検索結果をご確認いただけます。パッケージ版の検討やお見積りについては、お問い合わせください。
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